尖锐湿疣诊断主要依据接触传染病史、尖锐湿疣发病部位、临床表现、临床试验及实验室有关检查来确定。对大多数病例，根据尖锐湿疣的发病部位及典型临床特征则不难作出诊断。对少数病例需要进一步临床试验和实验室检查来确诊。

1.病史
　　要注意了解并仔细询问患者是否有接触传染病史，重点要了解其性伙伴有无尖锐湿疣及有无其他性病以及性活动方式，如有否口交、肛交等。尖锐湿疣患者多有异常或非婚姻性生活史或有与尖锐湿疣患者、HPV感染者性接触或共用毛巾、衣物、盆等物品的病史。

2.尖锐湿疣好发部位
　　尖锐湿疣好发部位是男女性外生殖器以及肛门部位。除这些部位外，一些特殊的部位如口腔、咽喉部等部位的尖锐湿疣病变在特殊人群中应注意。在检查尖锐湿疣发病部位过程中，不要只检查患者所述病变部位，而且要对患者进行较全面的检查，如在检查外阴部位的同时应检查肛门部位，在检查肛门部位的同时也应检查外阴部位，以及对有特殊性活动方式者进行口腔、咽喉等部位的检查。

3.尖锐湿疣临床表现
　　在第八章中详细介绍了尖锐湿疣的临床特征。在检查过程中要仔细观察损害分布、形态、大小、颜色、表面情况等。尖锐湿疣特征性损害是典型的菜花型损害，颜色鲜红、淡红或少数呈污灰色，病变组织脆、擦拭后容易出血，即使是非特征性损害其损害表面多呈疣状外观、不光滑或呈颗粒状突起等。

4.尖锐湿疣临床试验
　　醋酸试验和甲苯胺蓝试验是两种用于尖锐湿疣诊断的临床检查方法。目前临床试验多用醋酸试验，醋酸试验阳性对尖锐湿疣诊断有较为重要的意义。

5.尖锐湿疣实验室检查
　　用于尖锐湿疣诊断的实验室检查主要有2种：
　　①HPV检测：此种检测用来判断是否为HPV感染。若在病变组织中检出HPVDNA即HPV阳性则表示为HPV感染，对尖锐湿疣诊断有重要价值。但若在病变组织中HPV检查阴性结果也不能完全排除尖锐湿疣的诊断。若是通过取局部分泌物进行HPV检查，取材时应稍加磨擦皮肤粘膜，以提高检查的可靠性和阳性率。同时还应考虑因技术条件等因素造成假阳性的结果。
　　②组织病理学检查：在尖锐湿疣组织的病理检查中发现凹空细胞是尖锐湿疣病理学的特征性改变，具有重要的诊断价值；其次是真皮乳头毛细血管增生、基底细胞增生、棘细胞增生、角化不全以及角化不良等病理变化。要提请注意的是病变组织标本的采取因尖锐湿疣损害持续时间的长短对其结果可能产生影响，如损害时间太短或损害持续时间太长以及经过治疗后的损害等，可能缺乏一些特征性改变而造成病理上的不典型。非典型尖锐湿疣主要特点是：可见棘层细胞增生，但分布尚均匀，缺乏典型的局灶性分布的诊断性凹空细胞，胞体常大且细胞核不大或无异型性。对在病理形态上出现非典型尖锐湿疣之表现，通常不宜轻易诊断为尖锐湿疣，而多诊断为外阴鳞状上皮疣状增生。

廖松林等提出5项尖锐湿疣病理诊断标准及方式：
　　①肯定诊断：凡符合下列情况者即可肯定诊断。临床上较典型表现；病理绢织学变化也较典型；有病毒分离、免疫细胞化学或电镜结果支持诊断。如病变不典型，但特殊检查支持诊断者也能确诊。
　　②提示临床诊断或基本肯定诊断：临床未诊断或诊断其他疾病；病理绸织学较典型或具备了基本病理组织学变化，提示临床或临床与病理商讨后共同确定诊断，或以这样报告：病理组织学比较符合尖锐湿疣，请结合临床诊断。
　　③符合临床诊断：临床表现较典型；病理组织学上只有棘层肥厚及凹空细胞二条基本病变；未见尖锐湿疣以外典型的粘膜或其他疾病，即可作病理组织学变化符合临床诊断的报告。如未见凹空细胞及表皮增生肥厚或角化不全等，只见一般非特异性炎症变化时不能随便作符合尖锐湿疣诊断。
　　④不肯定诊断：临床诊断尖锐湿疣；病理组织学未见尖锐湿疣及其他疾病的病变，即可报告未见特异性组织学变化，建议再取材，有条件者可做免疫细胞化学及电镜等特殊检查，进一步确诊。
　　⑤否定诊断：临床可疑；病理组织上未见尖锐湿疣的基本病变而检查中有其他较典型的皮肤粘膜疾病，如肥厚性扁平苔藓及银屑病等，即可考虑为其他疾病。

1996年美国修订了生殖器疣的诊断标准如下。
　　①临床描述：感染的特点为在内外生殖器、会阴或肛门周围出现可见的外生(高起)的增生物。
　　②实验室诊断标准：活检或脱落细胞标本中有HPV感染的组织病理学变化特点；或在损害活检中用抗原或核酸检测显示有病毒。
　　③确诊病例：临床上符合且经实验室检查证实的病例。

　　根据作者的经验，凡在临床上见到位于外生殖器和／或肛门部位典型菜花型或呈疣状、向外(高出皮面)生长的赘生物，质软而脆，醋酸试验阳性即可初步诊断为尖锐湿疣；若HPV检查阳性和／或组织病理检查发现典型的凹空细胞等病理特征，则可确诊为尖锐湿疣。